CHKO Soutok je rozdělena do čtyř zón odstupňované ochrany přírody. Ty odrážení míru usměrňování lidské činnosti, respektive jejích dopadů na přírodní kvalitu daného území. Nejpřísnější režim ochrany má I. zóna, nejmírnější IV. zóna ochrany.
Vymezení zón odstupňované ochrany přírody CHKO Soutok vymezuje vyhláška č. 56/2025 Sb. (Zákony pro lidi).
