Vodstvo

Dolní úsek řeky Moravy a Dyje je příkladem větvícího se toku, který se vícenásobně dělí v paralelně protékající  říční ramena. Ta jsou mezi sebou navzájem provázána. Již od 18. století lze v tomto větvícím se říčním systému rozlišit hlavní tok Moravy i Dyje i jejich postranní říční ramena. Zachovala se ale pouze ve svém půdorysu. Jedním z těchto ramen dnes protéká říčka Kyjovka. Odstavená ramena jsou důležitým prvkem údolní nivy upravených toků a na mnohých místech jsou posledními zbytky přirozených, morfologicky cenných říčních koryt.

Říční niva Moravy a Dyje je v oblasti Soutoku úpravami a ohrázováním obou řek oddělena od „mateřských“ vodních toků. Základní interakce mezi řekou a její nivou jsou zde proto částečně narušeny, zejména je zde vyloučena úplná dynamická fluviální sukcesní série nivních biotopů. V území se už nevyskytují přirozené záplavy, pouze v posledních dvou dekádách byla nepravidelně využívána možnost řízeného povodňování lužních lesů, které umožňuje odlehčovací jez Pohansko. V důsledku změněného vodního režimu se podstatná část zdejších lužních lesů dostala do ohrožení, protože byly zcela odříznuty od působení záplav, které jsou pro tento typ nivního ekosystému nezbytné. Zejména krátkodobé povodně, které přicházejí každoročně, velmi příznivě ovlivňují vodní režim lužních lesů a přinášejí potřebné živiny. Rovněž zahloubení toků (Morava, Dyje) vedlo k poklesu hladiny podzemní vody (průměrně zhruba o 1 m) v prostoru luhů. Lužní lesy se začaly měnit v jiný, sušší typ lesů.

V průběhu 70. a 80. let 20. století byla zregulována a ohrázována řeka Morava (převede i stoletou vodu) v úseku od Hodonína až po soutok s Dyjí a tím oddělena od lužních lesů i svých meandrů a slepých ramen, tím došlo k tvarové unifikaci a odpřírodnění toku. Nejsou zde připuštěny korytotvorné procesy (břehová eroze, vytváření štěrkových náplavů, střídání brodů a tůní), přirozený vývoj řeky byl úpravou přerušen a je nadále potlačován. Zregulováním došlo k značnému znehodnocení a poškození okolního ekosystému, proto jsou nápravná opatření a patřičná ochrana okolního ekosystému žádoucí pro rychlou regeneraci ekosystémů, a to nejen lužních lesů. 

Řeka Dyje byla také regulována, ohrázována a dílčím způsobem upravována (narovnání toku průpichy), často byl tok veden zcela novým korytem. Staré koryto Dyje dnes reprezentuje Zámeckou a Starou (Černou) Dyje. Výše proti proudu Dyje byla také vybudována největší vodohospodářská stavba v oblasti – vodní dílo Nové Mlýny se třemi nádržemi, díky kterému dochází k zachycování veškerých povodňových průtoků, které v historii přirozeně zaplavovaly lužní lesy nejen v okolí soutoku Moravy a Dyje. Povodňový režim a jeho případné změny přitom mají zásadní vliv na ekologickou provázanost říčních niv a jejich ekosystémů. Dochází ke snížení dynamiky rozkolísanosti jarních maxim, a tedy k celkovému poklesu dotace vody pro tyto ekosystémy a k negativnímu ovlivnění nivního ekosystému, který je na povodňování závislý. 

V letech 1991–1999 se v lužních komplexech v rámci revitalizace vodního režimu vybudovala složitá soustava vodních kanálů, stavidel, stavítek, propustků a hradítek s možností ovlivňovat hladinu spodní vody v lesních porostech. Systém říčních ramen se přeměnil na systém umožňující povodňování.