Rostlinná společenstva představují jedinečnou kombinaci stanovišť vnitrozemské říční delty, která se částečně prolínají se suššímy typy stanovišť.
Nejvýznamněji jsou zastoupeny smíšené lužní lesy s dubem letním, jilmem vazem a jilmem habrolistým, jasanem ztepilým nebo jasanem úzkolistým podél velkých řek. Toto lesní stanoviště se rozprostírá na více než 6 400 ha, tedy na více než polovině území CHKO Soutok. To zároveň představuje více než 30 % výskytu tohoto stanoviště v České republice. Hlavní dřevinou je dub letní, jasan ztepilý nebo j. úzkolistý. Struktura porostů je ve většině případů narušená, zpravidla stejnověká, jednoetážová, pouze v porostech se sníženým zápojem horní etáže vytváří spodní etáž javor babyka. Dříve byly nárosty javoru babyky redukovány díky pravidelným záplavám. Po výstavbě vodního díla Nové Mlýny však začala babyka v podrostu expandovat.
V druhově bohatém bylinném patře převažují vlhkomilné až mezofilní druhy bršlice kozí noha, kerblík lesní, válečka lesní, čarovník pařížský, kostřava obrovská, svízel přítula, kuklík městský, popenec obecný, netýkavka nedůtklivá, ptačinec hajní, kopřiva dvoudomá aj. Bohatý je aspekt jarních geofytů: česnek medvědí, dymnivka dutá, orsej jarní hlíznatý, křivatec žlutý, sněženka podsněžník, bledule letní.
Stanoviště tvrdých luhů v podmáčených místech terénních depresí sousedí se smíšenými jasanovo-olšovými lužními lesy temperátní a boreální Evropy (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae). Na zhruba 170 hektarech se rozprostírají přirozené porosty tvořené dominantní vrbou bílou, místy s příměsí vrby křehké, topolu černého a topolu bílého. Keřové patro v tomto společenstvu tvoří zmlazení dřevin horní etáže, další druhy vrb, příp. bez černý. V okolí vodních toků se nově prosazuje nepůvodní javor jasanolistý. V bylinném patře převládají vlhkomilné druhy bršlice kozí noha, kerblík lesní, svízel přítula, popenec obecný, hluchavka skvrnitá, vrbina obecná, lipnice bahenní aj. Na relativně sušších místech pak dominuje kopřiva dvoudomá. V zamokřených porostech jsou hojné i bahenní a vodní rostliny: žabník jitrocelový, blatouch bahenní, ostřice štíhlá, o. ostrá, o. pobřežní, kosatec žlutý a další. Porosty se vyskytují na naplavených půdách, na stanovištích s nejvyšší hladinou podzemní vody, obvykle pravidelně zaplavovaných i při menších povodních.
Posledním z významných lesních stanovišť jsou panonské dubohabřiny. V rámci chráněné krajinné oblasti se vyskytují na mírných zahliněných až písčitých vyvýšeninách. Ve stromovém patře převažuje dub letní, habr obecný a javoru babyky v příměsi se nachází také lípa srdčitá. Keřové patro chybí anebo není výrazně vyvinuto. V bylinném patře dominuje zpravidla válečka lesní nebo srha hajní, z geofytů jsou zde zastoupeny např. sasanka hajní, dymnivka dutá či orsej blatoucholistý. Souvislejší výskyt se nachází v okolí Pohanska, jinde jsou fragmentálně. Celkově v návrhu CHKO Soutok zahrnují plochu více než 100 hektarů. V rámci České republiky se však jedná o méně reprezentativní společenstva tvořící spíše přechod k tvrdému luhu. Lesní společenstva doplňuje pestrá mozaika lučních společenstev a vodní stanoviště. Nejhojněji jsou z nelesních společenstev zastoupeny nivní louky říčních údolí svazu Cnidion dubii rozkládající se na cca 690 ha, v rámci České republiky jde o podíl více než 56 %. Jedná se o druhově bohaté vysoce produkční louky s převahou vlhkomilných travin. Jsou vázané na místa s každoročními záplavami, při kterých dochází k přirozenému obohacování půdy živinami.
Podle délky trvání záplav se mění druhová skladba porostů. Na dlouhodobě zaplavovaných místech chybí řada druhů zaplavovaných luk a na místech s krátkodobým přeplavením se uplatňují vedle vlhkomilných druhů i druhy mezofilních ovsíkových luk. Mechové patro je tvořeno jen několika druhy. Na dlouhodobě zamokřených plochách se sníženým zápojem bylinného patra může dosahovat vyšší pokryvnosti, avšak u hodně zapojených porostů často zcela chybí. V území jsou tyto porosty vázané na dříve každoročně zaplavované plochy říčních niv, nejrozsáhlejší a nejreprezentativnější jsou na Pohansku, Lánských a Košárských loukách, v okolí Zámeckého rybníku a Janohradu a na Tvrdonicku jsou zachovalé segmenty u Stibůrkovských jezer, na Rýnavé a v okolí Velkomoravského hradiska Mikulčice. Celkově jde o jeden ze stěžejních předmětů ochrany CHKO Soutok, se kterým se pojí množství zvláště chráněných a dalších významných rostlinných, živočišných a houbových druhů.
Z charakteristických druhů pro dané společenstvo lze uvést např. metlici trsnatou, kosatec sibiřský, jarvu žilnatou, krvavec toten, svízel severní, violku nízkou, řeřišnici malokvětou, konitrud lékařský, ožanku čpavou, kyprej prutnatý, ostřici černoklasou, česnek hranatý, hrachor bahenní a sítinu tmavou.
V současnosti jsou však louky negativně ovlivněny pozměněným vodním režimem a intenzitou obhospodařování, které ovlivňuje zejména populace bezobratlých vázaných na tato stanoviště. Mozaiku lučních společenstev doplňují na více než 130 ha, zejména v evropsky významné lokalitě Niva Dyje, stanoviště nížinných sečených luk (psárka luční, krvavec toten). Sporadicky se v mozaice vyskytují bezkolencové louky na vápnitých, rašelinných nebo hlinito-jílovitých půdách (Molinion caeruleae). Tato společenstva se na Soutoku vyskytují fragmentálně na Lánských loukách, části Košárských luk a na louce Dúbravka na úpatí hrúdů a na místech pod hrúdy, kde občas dochází i ke krátkodobému přeplavení. Strukturu porostů určuje vedle bezkolence modrého v některých případech metlice trsnatá, výrazněji se uplatňuje i lipnice luční a ostřice časná. Z dalších charakteristických druhů jsou zde např. zastoupeni hořec hořepník, čertkus luční, ostřice chabá, mochna nátržník či řebříček bertrám. S plošně omezeným výskytem (cca 24 ha) vázaným téměř výhradně na hrúdy mimo dosah záplav se vyskytují stanoviště polopřirozených suchých trávníků a facií křovin na vápnitých podložích (Fesfuco-Brometalia). Na svazích hrúdů vytvářejí zajímavé přechody do vlhčích typů travinobylinné vegetace. Nejhodnotnější porosty se nacházejí na Dúbravce, na Lánských a Košárských loukách. Stanoviště, která jsou přímo vázána na vodu, případně na vodotvorné procesy, jsou zastoupena bahnitými břehy řek s vegetací svazů Chenopodion rubri p. p. a Bidention p. p., vlhkomilnými vysokobylinnými lemovými společenstvy nížin a horského až alpínského stupně, oligotrofními až mezotrofními stojatými vodami s vegetací tříd Lifforelfetea unifíorae nebo Isoeto-Nano/uncetea a přirozenými eutrofními vodními nádržemi s vegetací typu Magnopotomion nebo Hydrocharition (více než 110 ha). Poslední ze jmenovaných je reprezentováno jednak makrofytní vegetací přirozeně eutrofních a mezotrofních stojatých vod s na hladině plovoucími vodními rostlinami s dominancí okřehků, rdestů, stulíku žlutého, růžkatců, vzácněji např. voďanky žabí či bublinatky jižní, řečanek a dále také makrofytní vegetací vodních toků se stolístky, rdesty, často se submerzními a natantními formami zevaru jednoduchého, šípatky vodní nebo šmele okoličnatého, případně s lakušníkem vodním.
